常用的飲用水消毒方式可分為物理消毒和化學消毒。物理消毒主要是通過紫外線照射，而化學消毒根據消毒劑的種類可分為氯消毒和臭氧消毒。其中，氯消毒是集中式供水主要的消毒方式，依據消毒原理的不同，可分為游離氯消毒和化合氯消毒。主要的含氯消毒劑包括液氯、一氯胺、二氯胺、二氧化氯和次氯酸鈉等。臭氧消毒是以強氧化劑臭氧進行消毒。為提高飲用水消毒效果，近年來飲用水消毒檢測已開始將不同消毒方法聯合使用來進行飲用水消毒。